{"id":14359,"date":"2010-04-09T21:06:42","date_gmt":"2010-04-10T01:06:42","guid":{"rendered":"http:\/\/piel-l.org\/blog\/?p=14359"},"modified":"2010-04-10T09:38:08","modified_gmt":"2010-04-10T13:38:08","slug":"metagenomica-y-piel","status":"publish","type":"post","link":"https:\/\/piel-l.org\/blog\/14359","title":{"rendered":"Metagen\u00f3mica y Piel"},"content":{"rendered":"<p><strong><a href=\"mailto:amendoza50@gmail.com\"><img loading=\"lazy\" decoding=\"async\" class=\"alignleft\" src=\"http:\/\/piel-l.org\/blog\/wp-content\/uploads\/\/2010\/04\/microbiota-humana.jpg\" alt=\"\" width=\"140\" height=\"176\" \/><\/a><\/strong><\/p>\n<p>La <a href=\"http:\/\/www.nationalacademies.org\/metagenomics\"><strong>metagen\u00f3mica<\/strong><\/a> es un nuevo enfoque gen\u00f3mico para el estudio y an\u00e1lisis de comunidades intactas de microorganismos en su ambiente natural, sin la necesidad del aislamiento cl\u00e1sico del microorganismo mediante metodolog\u00edas de cultivo.  La metagen\u00f3mica combina nuevos m\u00e9todos de secuenciaci\u00f3n que generan informaci\u00f3n de m\u00faltiples genomas con el an\u00e1lisis de gen\u00f3mica comparativa y la bioinform\u00e1tica (desarrollo de nuevos software para el ensamblaje de secuencias de DNA) para el an\u00e1lisis de la comunidad o poblaci\u00f3n total de microorganismos que se encuentra en un h\u00e1bitat determinado.<\/p>\n<p><!--more--><\/p>\n<p>Este tipo de estudio ha generando suficiente informaci\u00f3n para la identificaci\u00f3n de nuevas especies de microorganismos desconocidos hasta ahora y una gran cantidad de genes tambi\u00e9n desconocidos, lo que ha permitido de manera eficiente tener una visi\u00f3n global de la diversidad de comunidades de microorganismos <sup>1,2<\/sup>. La identificaci\u00f3n de nuevos microorganismos est\u00e1 fundamentada en el an\u00e1lisis comparativo de las secuencias del RNA ribosomal 16S (16S rRNA). Entre lo novedoso de esta nueva visi\u00f3n est\u00e1 el entender las adaptaciones y funciones de estas comunidades microbianas en los distintos ambientes y nichos ecol\u00f3gicos que son capaces de colonizar, por ej. el cuerpo humano, donde es de suma importancia la identificaci\u00f3n, evoluci\u00f3n e interacci\u00f3n de factores relacionados con patogenicidad.<\/p>\n<p>A lo largo de nuestra vida, el cuerpo humano constituye un nicho ecol\u00f3gico donde coexisten una gran diversidad de comunidades de microorganismos pertenecientes a los tres dominios taxon\u00f3micos previamente descritos: Bacteria, Arquea y Eucaria. Estos microorganismos han co-evolucionado con el humano y su h\u00e1bitat puede estar en superficies externas, tales como la piel, e internas, tales como el tracto gastrointestinal de nuestro cuerpo, y en muchos casos juegan un papel fundamental en la salud y en la generaci\u00f3n de muchas enfermedades. El colectivo de estos microorganismos es &gt;10 veces el n\u00famero total de c\u00e9lulas que conforman el cuerpo humano, representando un n\u00famero &gt;100 veces el n\u00famero de genes que conforman nuestro propio genoma. Esto nos da una visi\u00f3n de supra-organismo para el humano, cuyo genoma ser\u00eda la suma del suyo propio y el de su comunidad de microorganismos (microbioma)<\/p>\n<p>El impacto de la metagen\u00f3mica en estudios de importancia medica se ha puesto de manifiesto en el <a href=\"http:\/\/www.solociencia.com\/biologia\/08021904.htm\">Proyecto Microbioma Humano<\/a>, en el que se ha estudiado la microbiota (comunidad microbiana) intestinal, su relaci\u00f3n con el metabolismo y sus implicaciones en la salud humana <sup>3<\/sup>. Una de las preguntas que se trata de responder es: \u00bfcu\u00e1l es la microbiota, el contenido gen\u00e9tico y los atributos funcionales codificados en el microbioma de un individuo saludable?. Por ejemplo, estudios de metagen\u00f3mica relacionados con obesidad en humano demuestran cambios importantes en el microbioma asociado a individuos obesos <sup>4<\/sup>, lo que sugiere una relaci\u00f3n funcional del microbioma con el metabolismo.<\/p>\n<p>La aplicaci\u00f3n de la metagen\u00f3mica para evaluar comunidades microbianas que habitan un microambiente como la piel muestra una gran diversidad en las poblaciones bacterianas que conforman esta comunidad. El an\u00e1lisis de esta diversidad ha permitido la identificaci\u00f3n de nuevas especies bacterianas. De gran inter\u00e9s fue encontrar en la muestra de individuos estudiados una variaci\u00f3n intra- e interpersonal de la poblaci\u00f3n bacteriana; sin embargo, un n\u00facleo com\u00fan de especies bacterianas (?15 % del total) est\u00e1 presente en todos los individuos. El mismo estudio muestra una mayor variabilidad de la poblaci\u00f3n bacteriana en mujeres que en hombres. Estos estudios sugieren que la comunidad bacteriana de un individuo es personalizada, lo cual ha sido explotado en t\u00e9rminos de una identificaci\u00f3n forense utilizando las comunidades bacterianas de la piel <sup>5<\/sup>. Al igual que en el Proyecto Microbioma, la variabilidad de comunidades de microorganismos en la piel humana nos lleva a plantearnos la pregunta: \u00bfcu\u00e1l ser\u00eda la l\u00ednea de base de estos microorganismos que debemos esperar en un individuo considerado como sano?.<\/p>\n<p>Finalmente, la visi\u00f3n del humano como un supra-organismo, un metagenoma, es importante en el estudio de enfermedades autoinmunes, donde la comunidad microbiana puede tener relevancia en la expresi\u00f3n de genes asociados a estas enfermedades <sup>6<\/sup>.<\/p>\n<p><strong>Referencias<\/strong><br \/>\n 1.\tTyson G.W. et al. 2004. Nature 428:37-43<br \/>\n 2.\tVenter J.C. et al. 2004. Science 304:66-74<br \/>\n 3.\tGill S.R. et al. 2006. Science 312:1355-9<br \/>\n 4.\tTurnbaugh P.J. et al. 2009 Nature 457:480-4<br \/>\n 5.\tFierer N. et al. 2010. Proc Natl Acad Sci USA 107(1). <a href=\"http:\/\/www.pnas.org\/cgi\/doi\/10.1073\/pnas.1000162107\">www.pnas.org\/cgi\/doi\/10.1073\/pnas.1000162107<\/a><br \/>\n 6.\tProal et al., 2009 Autoimmunity Reviews 8:677-681<\/p>\n<p><strong><a href=\"mailto:amendoza50@gmail.com\">Alexis Mendoza-Le\u00f3n<\/a><\/strong>, PhD.<\/p>\n","protected":false},"excerpt":{"rendered":"<p>La metagen\u00f3mica es un nuevo enfoque gen\u00f3mico para el estudio y an\u00e1lisis de comunidades intactas de microorganismos en su ambiente natural, sin la necesidad del aislamiento cl\u00e1sico del microorganismo mediante metodolog\u00edas de cultivo. La metagen\u00f3mica combina nuevos m\u00e9todos de secuenciaci\u00f3n que generan informaci\u00f3n de m\u00faltiples genomas con el an\u00e1lisis de gen\u00f3mica comparativa y la bioinform\u00e1tica &hellip;<\/p>\n","protected":false},"author":57,"featured_media":0,"comment_status":"open","ping_status":"open","sticky":false,"template":"","format":"standard","meta":{"footnotes":""},"categories":[446],"tags":[],"class_list":["post-14359","post","type-post","status-publish","format-standard","","category-ventana-molecular"],"_links":{"self":[{"href":"https:\/\/piel-l.org\/blog\/wp-json\/wp\/v2\/posts\/14359","targetHints":{"allow":["GET"]}}],"collection":[{"href":"https:\/\/piel-l.org\/blog\/wp-json\/wp\/v2\/posts"}],"about":[{"href":"https:\/\/piel-l.org\/blog\/wp-json\/wp\/v2\/types\/post"}],"author":[{"embeddable":true,"href":"https:\/\/piel-l.org\/blog\/wp-json\/wp\/v2\/users\/57"}],"replies":[{"embeddable":true,"href":"https:\/\/piel-l.org\/blog\/wp-json\/wp\/v2\/comments?post=14359"}],"version-history":[{"count":0,"href":"https:\/\/piel-l.org\/blog\/wp-json\/wp\/v2\/posts\/14359\/revisions"}],"wp:attachment":[{"href":"https:\/\/piel-l.org\/blog\/wp-json\/wp\/v2\/media?parent=14359"}],"wp:term":[{"taxonomy":"category","embeddable":true,"href":"https:\/\/piel-l.org\/blog\/wp-json\/wp\/v2\/categories?post=14359"},{"taxonomy":"post_tag","embeddable":true,"href":"https:\/\/piel-l.org\/blog\/wp-json\/wp\/v2\/tags?post=14359"}],"curies":[{"name":"wp","href":"https:\/\/api.w.org\/{rel}","templated":true}]}}